Mae Eglwys Annibynnol Capel Penygraig yn un hynafol ac yn un o’r rhai cynharaf yn Sir Gaerfyrddin, er amhosibl fyddai nodi dyddiad. Tybir i’r achos ddechrau mewn bwthyn Felin Plas Gwyn ger Croes-y-ceiliog ar adeg pan waharddwyd addoli yn gyhoeddus y tu allan i Eglwys Sefydliedig. Cynhaliwyd cyrddau yn y dirgel bryd hynny oherwydd erlidigaeth a symudodd y frawdoliaeth o’r bwthyn bach i dŷ Nel Francis ym Mhentrepoeth. Erbyn tua 1670 symudwyd wedyn i Ffynnonloyw, i’r dwyrain o’r capel presennol, gan aros yno tan 1703. Y flwyddyn honno symudwyd i Glannant, Croes-y-ceiliog gan ddenu aelodau o dref Caerfyrddin.
Yn 1748 cynlluniwyd i symud eto gan adeiladu capel ar y safle presennol. Agorwyd y capel yn Ebrill 1749 er mai 1751 yw’r dyddiad a nodir ar flaen yr adeilad heddiw. Tua 30 o aelodau oedd gan yr eglwys yr adeg honno ac er mai bychan oedd rhif yr aelodau roeddynt yn ffyddiog wrth fwrw mlaen i adeiladu’r capel newydd.
Milbourne Bloom oedd y gweinidog cyntaf gyda Rees Davies yn olynydd iddo o 1757 i 1784. Ar ddechrau’r bedwaredd ganrif ar bymtheg, gyda thŵf aelodaeth Penygraig sefydlwyd capeli newydd yn Nasareth, Pontiets a Philadelphia, Nantycaws. Adeiladwyd capel newydd ym Mhontyberem yn 1837 a hynny ar dir a roddwyd gan David Gravell, un o bileri’r achos ym Mhenygraig. Bu cynnydd pellach yn aelodaeth Penygraig a chodwyd capel newydd, sef yr adeilad presennol yn 1831. Yn ystod 1840au sefydlwyd Capel Rama a bu cyd-weithio hapus rhwng y ddwy eglwys ers 1886.
Roedd ail hanner y bedwaredd ganrif ar bymtheg yn un llewyrchus yn hanes Penygraig ac aethpwyd ati i adnewyddu’r capel a’i ailagor yn 1890. Roedd aelodaeth y capel yn 180 ar yr adeg hon gyda 240 ar lyfrau’r Ysgol Sul. Yn ystod y cyfnod hwn hefyd yn 1886 ffurfiwyd cangen yng Nghwmffrwd i gynnal Ysgol Sul a chyfarfodydd yn ystod yr wythnos mewn lle o’r enw Penybont. Yn 1899 atgyweiriwyd y capel eto pan dynnwyd yr hen bulpud i lawr a gosod yr un presennol yn ei le, rhoddwyd dwy ffenestr y tu ôl i’r pulpud a dau gyntedd wrth y ddau ddrws.
Bu’r ugeinfed ganrif yn gyfnod sefydlog i Gapel Penygraig gyda’r aelodaeth yn cyrraedd 150 yn 1988. Yn 1940au adeiladwyd Festri Bethel yng Nghwmffrwd gan ddisodli’r un blaenorol. Cyd-weithiodd Penygraig a Rama yn 1956 i adeiladu Mans yn Idole a’i werthu yn 1980au. Erbyn heddiw mae gan Gapel Penygraig 97 o aelodau.
Gellir cael hanes llawnach am Gapel Penygraig, gan gynnwys lluniau, mewn llyfryn a gyhoeddwyd yn 1999 i ddathlu 250 o flynyddoedd ers sefydlu’r Capel ar y safle presennol. Enw’r llyfryn yw ‘Ar y Graig Hon – Hanes Eglwys Annibynnol Penygraig, Croes-y-ceiliog, Caerfyrddin 1749 – 1999.’
Gweinidogion Penygraig
| 1749 – 1757 Millbourne Bloom | 1829 – 1834 John Davies | 1901 – 1928 J P Evans | ||
| 1757 – 1784 Rees Davies | 1835 – 1849 David Evans | 1931 – 1953 E J Evans | ||
| 1784 – 1787 John Williams | 1851 – 1852 Griffith Thomas Evans | 1956 – 1980 Dewi M Davies | ||
| 1787 – 1790 David Davies | 1854 – 1881 Joseph Jervis | 1982 – 1989 Denzil James | ||
| 1790 – 1818 Evan Evans | 1881 – 1887 D. Gwenffrwd Evans | 1990 – 1992 Ryan Thomas | ||
| 1819 – 1921 Thomas Davies a James Silfanus | 1887 – 1895 Evan Powell | 1993 – 1999 Elfed Lewys | ||
| 1821 – 1829 Samuel Griffiths | 1896 – 1900 Emrys Lloyd | 2001 – presennol Meirion Sewell |
Capel Penygraig 